贺思敏
贺思敏，清华大学计算机科学与技术专业学士及博士毕业，研究领域涵盖应用算法学、生物信息学和信息检索。他曾主持研发我国首套MEPG-2/DVB数字电视条件接收系统原型，并在蛋白质序列鉴定软件系统pFind的研制中发挥了关键作用。
人物经历
1986年9月至1991年7月，贺思敏在清华大学攻读计算机科学与技术专业学士。随后，他继续在清华大学深造，于1997年7月获得计算机科学与技术专业博士学位。1997年8月至2002年6月，贺思敏在国家智能计算机研究中心-摩托罗拉联合实验室和北京算通科技发展有限公司工作。自2002年7月起，他加入中国科学院计算技术研究所。
研究方向
应用算法学、生物信息学、信息检索。
代表论著
贺思敏的代表论著包括：
- 硅Min He et al. On guaranteed smooth switching for buffered crossbar switches, IEEE/ACM Trans. Networking, 16(3): 718-731, June 2008.
- Simin He et al. Smooth switching problem in buffered crossbar switches. ACM SIGMETRICS, pp. 386-387, Banff, Alberta, Canada, 2005.
- HE Simin and ZHANG Bo. Solving SAT by algorithm transform of Wu's method. Journal of Computer Science and Technology, 14(5): 468-480, Sept. 1999.
科研项目
1. 主持研制我国第一套MEPG-2/DVB数字电视条件接收系统原型
2.获得2000年国家科技进步二等奖《数字视频广播编码传输与接收系统》
3. 主持研制我国第一套规模化蛋白质序列鉴定软件系统pFind
发表论文
贺思敏作为通讯作者发表的论文包括：
- pDeepXL: MS/MS Spectrum Prediction for Cross-Linked Peptide Pairs by Deep Learning, Journal of Proteome Research, 2021.
- A high-speed search engine pLink 2 with systematic evaluation for proteome-scale identification of cross-linked peptides, Nature Communications, 2019.
- pValid: Validation Beyond the Target-Decoy Approach for Peptide Identification in Shotgun Proteomics, Journal of Proteome Research, 2019.
- pNovo 3: precise de novo peptide sequencing using a learning-to-rank framework, 生物信息学, 2019.
- Comprehensive identification of peptides in tandem 质量 spectra using an efficient open search engine, Nature Biotechnology, 2018.
- pSite: Amino Acid Confidence Evaluation for Quality Control of De Novo Peptide Sequencing and Modification Site Localization, Journal of Proteome Research, 2017.
- pDeep: Predicting MS/MS Spectra of Peptides with Deep Learning, Analytical Chemistry, 2017.
- Open-pNovo: De Novo Peptide Sequencing with Thousands of Protein Modifications, Journal of Proteome Research, 2017.
- pGlyco 2.0 enables precision N-glycoproteomics with comprehensive quality control and one-step 质量 spectrometry for intact glycopeptide identification, Nature Communications, 2017.
- pGlyco: a pipeline for the identification of intact N-glycopeptides by using HCD- and CID-MS/MS and MS3, Scientific Reports, 2016.
- pFind-Alioth: A novel unrestricted database search algorithm to improve the interpretation of high-resolution MS/MS data, Journal of Proteomics, 2015.
- A Note on the False Discovery Rate of Novel Peptides in Proteogenomics, 生物信息学, 2015.
- Mapping native disulfide bonds at a proteome scale, Nature Methods, 2015.
- pNovo+: De Novo Peptide Sequencing Using Complementary HCD and ETD Tandem 质量 Spectra, Journal of Proteome Research, 2013.
- Identification of cross-linked peptides from complex samples, Nature Methods, 2012.
科研活动
贺思敏主持的科研项目包括：
- 面向数据库搜索的蛋白质组精准鉴定技术研究, 主持, 国家级, 2016-07--2021-06。
- 计算蛋白质组学创新交叉团队, 主持, 部委级, 2016-01--2018-12。
- 蛋白质组海量质谱数据的深度解析, 主持, 国家级, 2010-01--2014-08。