改土归流
改土归流，即中央废除地方土司，用朝廷任命的流官代替土官世袭，建立州县，同时委任有任期、不世袭的流动官员进行治理。改土归流始于明朝洪武年间，历经数百年，直到清朝末期结束，其中清朝雍正年间的改土归流规模最大，影响最为深远。
明朝永乐十一年（1413年），朝廷开始在贵州省地区实行改土归流，废除思南县、岑巩县宣慰司，改设思州、思南、镇远县等八个流官府；此后朝廷陆续在各个民族地区进行改土归流，效果并不显著；明末崇祯年间，朱燮元提出“重建诸蛮”，朝廷接受其建议，将拥有较大势力的大土司一分为众，至此大土司的势力得以遏制。清代雍正年间，朝廷在云南省、贵州、广西壮族自治区、四川省、湖南省、湖北等少数民族聚居地区进行大规模的改土归流，将这一地区直接纳入中央王朝的统治之下，实现对中国西南地区有效的控制。
明清时期，中央政府加强对土司管辖地区的治理，在西南地区逐渐实施改土归流，主要措施包括在人事上革除土官的世袭，派遣有任期限制的流官进行治理；行政上废除各级土司机构，设置各级行政机构，对中央政府直接负责；在改土归流地区，清查户口，丈量土地，征收赋税，建城池、设学校。
改土归流加强了中央政府对边疆地区的治理，破除各民族交往交流交融的制度性障碍，有利于民族地区社会经济的发展，对统一多民族国家的巩固和发展具有重要的意义。
背景
社会背景
土司制度是在唐朝时期羁制度的延续，元朝时逐渐演化完善为土司制度，明朝时土司制度达到高峰。土司制度是对中央政权无力顾及的西南边陲地区土人头目的一种笼络手段，“以土官治土民”，承认各少数民族的首领世袭地位，给予其官职头衔，以进行间接统治，朝廷中央的敕诏实际上并没有能够得到真正的贯彻。
在土司统治下，土地和人民都归土司世袭所有，土司各自形成一个个势力范围，司法、财政、行政、兵事都可以自治，对于当地人民予求予取，掌握一切生杀大权，除了不能登基称帝，其他一切甚至比照皇帝，而且只需要象征性的向朝廷缴纳微薄的赋税。
明朝是土司制度的高峰，因为在朱棣时期对于越南的征伐，所以朝廷更需要西南边陲的稳定，借以来保证军队后方的安全，所以对土人又是大加封赐。而且在明朝万历年间朝廷抗日援朝，又加上辽东女真的兴起，使得无法顾及西南，为了保证国内政权稳定，避免多线作战，对西南土司土司更是优待。因此，导致清代初期土司势力过大，尾大不掉。
起因
改土归流，自明代中叶以后便逐步开始。它是在土官与封建王朝的矛盾日益尖锐的情况下产生的。这个矛盾，唐、宋以来就长期存在。随着社会生产力的不断发展，土官制度越来越不适应社会的需要。广大人民不断的反抗斗争又动摇了土官制度的统治。与此同时，土官又日益与封建王朝闹对立，反对封建王朝对它的管辖。这种有损于封建王朝国家统一的行为，明王朝自然是不能容忍的。于是“改土归流”是势在必行的了。
由于云南省的图集皆被元朝兵焚毁，明朝改土归流的战略冲要只能自己摸索前进，据《明史》载：“丁丑，征南将军川侯傅友德等遣人至京奏事。先是，上谕友德等，以云南既平，留江西省、浙江省、湖广、河南省、四川省都司兵守之，控制要害，考元时所留兵数并计岁用及税粮徭役之法与凡事，便宜以闻。至是，友德等奏：“自孛儿只斤·忽必烈至今百有余年，屡经兵燹，图籍不存，兵数无从稽考，但当以今之要害量宜设卫，以守其税粮。前元司徒平章达里麻等尝言元末土田多为僧道及豪右隐占，今但准元旧，则于岁用有所不足，已督布政司核实云南临安、楚雄、曲靖、普安、普定、乌撒等卫及沾益、北盘江等千户所见储粮数一十八万二千有奇，以给军食，恐有不足，宜以今年府、州、县所徵并故官、寺院入官田及土官供输、盐商中纳、戍兵屯田之入以给之。”上可其奏。”
万历十一年(公元1582年)明朝云南巡抚刘世曾拔刘綎为腾越游击，邓子龙为永昌参将，各提兵五千赴剿，并征调诸土司兵丁应援。于姚关大破莽应里，缅兵败遁。刘铤与邓子龙乘胜追击，率兵出陇川县、孟密，直抵阿瓦王朝(今缅甸曼德勒)。缅将孟勺(德彬瑞梯之弟)降。陇川、蛮莫、孟养的入侵缅兵纷纷遁逃。刘铤回师陇川擒岳凤父子，献捷于朝。一年多的边境骚乱至此平定。原来的缅酋莽应里协从的西南诸土司悉来归附。蛮莫头目思顺，初与岳凤相表里，投附莽应里。当刘铤率兵驰入陇川，岳凤诣军门降，思顺缚缅人及象马来献。刘綎以副总兵署临元参将，“移镇蛮莫”，“勒兵金沙江(伊洛瓦底江)，筑台于王骥故址，威名甚盛。”“建大将行署于蛮莫。”万历十二年(公元1584年)二月二十一日，刘铤招集孟养、木邦、孟密、陇川县诸土司，“血威远营。”筑擅盟誓：“六慰拓开，三宣恢复，诸夷恪心，永远贡赋，洗甲金沙，藏刀思窟，不纵不擒，南人自服。”万历十三年(公元1585年)增设蛮莫安抚司，以蛮莫土官思顺任安抚使。刘铤记这次战役的胜利说：“万历癸末年(十一年)十一月二十六日，横誓师，分哨并进，披历险隘，直抵贼巢，元恶既已倒戈就擒，协从悉皆府首受缚。……虎穴笑谈，平功不战，狼烟呼吸，定绩底咸宁，据金沙(伊洛瓦底江)，城蛮哈(八莫)；言有大而非挎；通宝井，跨南滇，信无行而不利。土地地充拓者，远近不下数千里，掳掠夺回者，旄倪概计亿万人。……兵甫及二月，犁扫为之一空。”
刘綎、邓子龙征缅，大败莽应里，“纠合诸夷，歃血威远营，”取得决定性胜利，但是莽应里势力并未彻底剿灭。刘铤清醒地认识到“疆宇虽已廓清，莽酋酋然肆大，若不亟加剿灭，终为祸根蔓延”。应乘胜进讨，“俟荡平之后，另图改土设流，平定之余，更宜筑关建堡，设大将旗鼓，以控制要冲，立诸司衙门而相为犄角。随行屯田之策以足食，而财可使富，保障坚于来形；又练土著之丁以足兵，而力可使强，边境几无患。……云南省之安，永保万世无虞矣。刘綎的筹谋却不为当局所重视，不仅没有给予支持，反而万历十五年(公元1587年)将刘铤调离。
过程
明朝时期
明代贵州省
明朝永乐年间（1403-1424年），铜仁市等地的岑巩县、思南县两个宣慰司叛乱，朱棣派兵平定后，改设贵州布政使司，朝廷派遣可以随时撤换的流官担任官员，但此次改革只是针对贵州叛乱的两个宣慰司进行改革，只触及贵州的一小部分地区，整个明朝西南绝大部分地区仍然实行土司制度。
万历十八年（1590年），播州宣慰司杨应龙反叛，朱翊钧派二十四万大军于万历二十八年（1600年）平定叛乱，杨应龙自杀，此役为万历三大征之一。播州之役结束，明军将播州一分为二，置遵义市、平越二府。
康熙时期
康熙四十三年（1704年），清朝开始对湘西土家族苗族自治州地区进行改土归流，在采取驻军、屯兵、修边、筑卡等强硬军事措施的同时，大力推动湘西社会的“儒化”，其中主要包括通过设置官学、书院、义学等构建儒家教育体系、给与少数民族士子资助及科举名额优惠、重视对先儒先贤的祭祀、颁令禁止苗民诸多宗教祭祀活动及风俗习惯、推行三纲五常及忠孝节义观念等等途径。
雍正改革
雍正四年（1726年），云贵总督西林觉罗·鄂尔泰建议取消土司世袭制度，设立府、厅、州、县，派遣有一定任期的流官进行管理。雍正帝对此甚为赞赏，令其悉心办理。
雍正四年（1726年），鄂尔泰大力推行改土归流政策，即由中央政府选派有一定任期的流官直接管理少数民族地区的政务，“改流之法，计擒为上策，兵剿为下策，令其投献为上策，敕令投献为下策。”“制苗之法，固应恩威并用。”意思为改土归流应采用恩威并施的方法，让土司主动接受实施改土归流为上策，以武力强行解决为下策。广顺长寨土司向官兵挑衅，清军平乱设长寨厅（今长顺县）。不久，清廷将原隶属四川省的乌蒙、镇雄县、东川三土府划归云南省。西林觉罗·鄂尔泰派游击哈元生领兵摧毁了叛乱的乌蒙土知府禄万、镇雄土知府陇庆侯的势力，改设乌蒙府（后改称昭通府，今云南昭通）、镇雄州。云贵高原的少数民族聚居区改土归流的巨大声势，很快冲击到广西壮族自治区地区。
雍正五年（1727年），清廷以威慑力量革去泗城土知府岑映宸的职务，在其属南盘江以北地区设置永丰州（今贵州省贞丰布依族苗族自治县），划归贵州统辖。泗城土司政权的崩溃，震撼了桂西其他大小土司，土司们纷纷向清廷交出印信和兵器，“广西诸土官自泗城之岑氏以下，亦先后缴敕印、纳军器二万余”，广西西部的改土归流因而很快取得成效。
雍正五年（1727年）至雍正十一年（1733年），先后有泗城土府岑氏、东兰土州韦氏、归顺土州岑氏、下龙长官司赵氏、恩城土州赵氏等，或被革除土职后遣送外地安置，或被降为佐贰后留居当地。多数土司政权皆为流官体制所代替。同时，清廷又于雍正七年（1729年）在右江上游增置百色市一厅，设理苗同知；又于雍正十年（1732年）将康熙年间因土司绝嗣而由通判代管的镇安土府升为流府，辖治附近各土目势力，从而进一步强化西部地区的政治建置。至此，广西壮族自治区一省便在府级政权层次上全部流官化，并在州县级层次上大体完成改土归流。
雍正六年（1728年），又命贵州省按察使张广泗在黔东南苗族侗族自治州推行改土归流政策。在设立府县的同时，添设军事机构。清政府在改土归流地区清查户口，丈量土地，征收赋税，建城池，设学校；同时废除原来土司的赋役制度，与内地一样，按地亩征税，数额一般少于内地，云南省、贵州改土归流的目标，到雍正九年（1731年）基本实现。改土归流废除了土司制度，减少了叛乱因素，加强了政府对边疆的统治，有利于少数民族地区社会经济的发展。
雍正帝为使云贵广西壮族自治区的少数民族聚居区的改土归流事务得以统一筹划，特于雍正六年（1728年）底任命西林觉罗·鄂尔泰为云、贵、广西三省总督。同年，命贵州省按察使张广泗在黔东南苗族侗族自治州推行改土归流政策。张广泗带兵深入黎平县古州（今贵州榕江）、都匀府丹江（今雷山县）苗、侗等族村寨，设厅，置同知，理民事。与云贵广西接界的湖南省、湖北、四川省等省的少数民族聚居区的土司，势力有限，在形势压力下，纷纷请求交出世袭领地及土司印信，归政中央。于是在各该省长吏经营下改设村县。
在废除土司世袭制度时，对土司本人，根据他们的态度给以不同的处理。对自动交印者，酌加赏赐，或予世职，或给现任武职。对抗拒者加以惩处，没收财产，并将其迁徙到上述六省以外的省份，另给田房安排生活。在设立府县的同时，添设军事机构，如云南省增设乌蒙镇、昭通雄威镇、普洱元威镇，贵州省增加古州镇、台拱镇，广西壮族自治区另设右江镇，湖广添永顺协、永绥协等。清政府在改土归流地区，清查户口，丈量土地，征收赋税，建城池、设学校，原来土司只交纳很少的贡赋，而将残酷掠夺属民所得的大量银两尽收于己。改土归流后，变革赋役方法，废除原来土司的征收制度，与内地一样，按地亩征税。土民所受的剥削稍有减轻。改土归流所涉及的民族很多，有壮族、彝族、苗族、哈尼族、布依族、侗族、瑶族、水族等。
雍正帝的改土归流促进了当地生产力的解放，使大量汉人移民中国西南地区，例如：云南省明末清初时，大部分人口都集中在滇池、洱海一线的腹里地带及其附近少数坝区，而在周围面积广大的边远地区只有“向未编丁”的数量甚少的“夷户”而已。广西壮族自治区、云南的人口数量，据清朝官方的统计数字，在康熙五十二年（1713年）分别为：桂省206104丁，约合人口总数100余万；滇省185865丁，约合人口总数90余万。康熙末年的西南地区人口数量已经达到前所未有的水平，但雍正年间改土归流以后，经过乾隆、爱新觉罗·颙琰近百年间不断有大批移民涌入，在嘉庆二十五年（1820年），广西、云南的人口总数又有显著增加，是年广西人口742万余、云南人口449万余。从康熙末年到嘉庆末年的百年间，广西壮族自治区人口总数由100余万增加到700余万，云南由由90余万人口增至400余万，即分别增长为原来的7倍和5倍。
原来开发水平极低或较低的边远山区也得到了很好的开发，大量移民涌入。例如，地处滇西北的丽江府，康熙末年仅有编户人口1.15万人，但嘉庆末年已达31.74万人，激增29倍之多。又如广西中部的柳州府，康熙末年时，仅有人口5.7万人，嘉庆末年时，人口已达94万人，增长16倍之多。
乾隆时期
新疆地区改土归流
乾隆二十三年（1758年），清军平定新疆准噶尔叛乱，时隔千年新疆再度一统，爱新觉罗·弘历在新疆驻军屯田的同时，又出台优厚的鼓励政策招募内地的无地贫困百姓到新疆扎根生活（政府提供路费口粮、官兵护送、到达后提供房屋、给地三十亩、提供耕地牛马、农机作物、六年免税，能开垦多少土地都归自己同时六年免税等），并兴修水利便于耕作。同时还针对免于死刑的重犯制定改过自新的政策。清政府规定，参加屯田的罪犯，只要努力生产，重犯以五年为期，轻犯以三年为期，即可以释放为民。
乌鲁木齐市地区
乌鲁木齐位于北疆中部，气候条件适宜农耕，土壤肥沃，水源充足，以乌鲁木齐为中心，包括周围的昌吉回族自治州、阜康市、玛纳斯县、呼图壁县等地，屯务蔚然可观。该地区兵屯、民屯先后兴起，犯屯也占相当比重。
民屯蒸蒸日上。为解决乌鲁木齐兵屯地荒和内地流民无地可种的问题，乾隆命令陕甘总督杨应琚招募内地流民前往乌鲁木齐种地，是为民屯。
乾隆二十六年（1761年）秋天，杨应琚从甘肃省安西、酒泉市、高台等处共招募贫民四百户，携眷前赴乌鲁木齐屯种。次年，杨应琚又从张掖市、山丹县、东乐等县招民二百户、男妇大小七百八十余口。《清高宗实录》，卷653，7页。二十九年，甘肃大旱，乾隆再次提出移民乌鲁木齐：“年来新疆屯政屡丰，如乌鲁木齐粮贮甚为饶裕，且其地泉甘土沃，并无旱潦之虞。如令该省接壤居民，量其道里远近，迁移新屯各处，则腹地资生即广，而边地旷土愈开。”这一年，杨应琚从肃州、张掖、敦煌市共招民七百零八户前往乌鲁木齐。移居的民户，都由政府提供车辆，派专人护送到乌鲁木齐。三十年，杨应琚又于酒泉市招民八百户、高台县四百户，“现饬道员，在瑚图毕、宁边城、昌吉回族自治州、罗克伦等处，查明余地，给与车辆口粮，送往安插”《清高宗实录》，卷742，4页。据移民王世昌等讲，到达乌鲁木齐后，“所有农器籽种及种地马匹，俱系官办”《清高宗实录》，卷725，17页。移民来到这里有房住，有粮吃，有地种，遂安心从事生产，“伐木采煤，养育鸡豚，渐成村落，与内地无异”。到乾隆末年，乌鲁木齐地区民屯，共开垦土地五十多万亩。这些民屯无任何军事意义，是开发新疆的最有效途径。
巴里坤哈萨克自治县、穆垒地区
巴里坤和穆垒位于北疆东部，原是清军与准噶尔汗国对峙的前线阵地，康熙末已有屯田，以绿营为主。清军清统一准噶尔之战，巴里坤成为内地，清军防线西移，兵屯日益削弱，犯屯和民屯相继兴起。
乾隆二十三年，因新疆平定，改派巴里坤给屯田绿旗兵为奴。第二年，乾隆决定让这些犯人屯田种地。他解释让犯人种地的目的是“以新辟之土疆，佐中原之耕凿，而又化凶顽之败类为务本之良民”《清高宗实录》，卷599，14页。。二十六年，清政府一次就遣送巴里坤哈萨克自治县四百八十名罪犯参加屯田。屯田不单纯是为了获得粮食，而是给这些罪犯开辟了一条改造自新的道路。清政府规定，参加屯田的罪犯，只要努力生产，重犯以五年为期，轻犯以三年为期，即可以释放为民。三十一年，巴里坤有种地犯人二百五十名，人均种地二十二亩，因收成较好，清政府又从敦煌市挑选强壮犯人一百五十名前来种地。《清高宗实录》，卷775，27页。
巴里坤民屯。巴里坤地处东北部，气候相对比其他地方寒冷，兵屯与犯屯，每年合计种地仅一万四五千亩。民屯始于二十九年（1764年），地方官员注重水利建设，克服了气候不利的因素，使民屯发展了起来。二十九年五月，陕甘总督杨应琚从敦煌县招募民户六十余户，为民屯之始。在这些民人未到之前，杨应琚就开始解决水利问题。巴里坤哈萨克自治县北山一带，旧有水渠三道，杨应琚组织属员详细勘测后，于头道、二道渠尾部开渠两千丈，又用开渠之土建起村堡三座，一座周围一百丈，另两座六十丈。民户到来后，“因见有堡可居，有渠可灌，倍加欣喜”。商民（借商人力量招募的民户）接踵而至，前来认垦，当年垦地一万一千八百九十亩，次年又认垦四千余亩，“连前拨给安西民户承垦地共二万五六千亩”《清高宗实录》，卷739，18页。。当时商民认垦地位于水渠上游，安西民户承垦地在水渠下游，易因引水灌田产生纠纷。杨应琚命令废员陈文枢组织人力新凿大渠一道，把河水直接引至下游，分设二闸，控制水量，消除了上下游争水的矛盾。
穆垒（今新疆木垒）民屯。穆垒地处巴里坤哈萨克自治县和乌鲁木齐市中间。三十年（1765年），巴里坤总兵德昌受命筹办穆垒屯田，德昌经实地勘查，认为穆垒可垦地八万亩，安插民户二千，准备每年招民二百户。军机处研究后，决定每年招民三百户，事先由绿旗兵种地贮粮供给前来民户，还为每户盖土屋两间。下年，陕甘总督吴达善确定穆垒移民办法，规定每年招徕民户编为一里，一里分成十甲，总共招三千户，设十里；每里设里长一人，每百户设渠长一人，乡约、保正各一人；户民认垦土地，由政府发给标准步弓丈地，以三十亩为准，村庄附近土地作为公用场圃。《清高宗实录》，卷775，25～26页。这是在乾隆同意下新疆最早设立的里甲机构，为后来建州县准备了条件。
伊犁位于北疆最西部，乾隆二十三年（1758年），当清军还在进行平定回部的战斗时，乾隆已开始筹划伊犁屯田了。乾隆的指示很具体：“从前伊犁地亩，皆回人耕种，今俟回部平定，即将回人酌量迁移，与绿营参杂。额敏和卓系回部望族，应同将军大臣等管束屯田兵丁，俟耕作娴习，主客相安，再回吐鲁番盆地，方为有益。”《清高宗实录》，卷560，25～26页。乾隆想得很细致，伊犁距内地极远，与南疆却甚近，调发维吾尔族种地需费用极少。额敏和卓忠于清政府，由他来管理维吾尔人可减少民族矛盾，加上绿旗兵一起耕作，增加了稳定性。因为乾隆的重视，伊犁屯田成效最大，有兵屯、回屯、犯屯、民屯四种形式。
回屯（即维吾尔人之屯）。二十四年（1759年）冬，办事大臣阿桂从阿克苏市带领三百户维吾尔族农民来到伊犁哈萨克自治州，他们是最早的屯田生产者。三百户人在土地肥沃的海努克地方播种，当年就获得大丰收。阿桂报告说，以播种量计算，上地获二十倍，中地获十倍，保守估计可获粮食二万四千石，除种地者自用外，还可供上千人来年麦熟前食用。有了粮食，阿桂提出扩大回屯规模，要求增派七百户，达到一千户。阿桂说，叶尔羌汗国、喀什噶尔、阿克苏、乌什县等城，有原先就在伊犁种地、后随霍集占逃回去的两三千人，“今闻开设屯田，愿来效力者甚多”《清高宗实录》，卷634，13页。。但是上述各城伯克以钱粮缺额为借口，阻碍他们来伊犁哈萨克自治州种地。阿桂建议取消各城户口钱粮定额，以争取伯克们的支持。乾隆批示“伊犁再增回人千余，生齿更觉繁盛，亦于伊犁生计有益”，赞成此举。二十六年秋，伊犁回屯再次大丰收，收获小麦为播种量二十倍以上，稞麦高达四十倍以上，平均每人收谷四十石，半数充做军粮。阿桂决定：“嗣后人给籽种一石五斗，以交粮十六石为率。”《清高宗实录》，卷650，20页。从二十七年至三十二年，清政府陆续从乌什县、哈密市、叶尔羌汗国、和、吐鲁番市等处调入伊犁哈萨克自治州六千户维吾尔农民，分布伊犁河南岸海努克与北岸固勒扎周围，编成九屯。每户交粮十六石，每年共交粮九万六千石，乾隆末年，伊犁将军保宁因当地维吾尔人生齿日繁，增垦土地，加征粮食四千石，总数达十万石。二十五年，清政府任命额敏和卓的儿子茂萨为伊犁阿奇木伯克，管理种地农民。三十一年，又任命茂萨弟鄂罗木管理。后来，定阿奇木伯克为专职，阶三品，总理回屯，下设十五人为属员。
绿营屯田，简称兵屯。兵屯是与回屯同时开始的。二十五年春，有一百绿旗兵和维吾尔农民一起播种，秋天丰收后，章佳·阿桂请增派九百人。第二年，清政府将辟展屯田士兵调入伊犁哈萨克自治州，他们共种地八千亩，收获大小麦、稞麦共二万七千一百石。伊犁兵屯产粮最多，据阿桂说，乌鲁木齐市兵一人年获粮约十四石，雅尔仅十一石，伊犁可达二十七石，一人所获，可供八人食用。至三十四年，清政府陆续从内地增调屯田兵二千五百人，五年换班，以五百人操练，两千人种地。伊犁将军伊勒图规定，屯田兵每人种地获粮达二十八分以上，屯田官员议叙，士兵赏给两个月盐菜银两；十八分以上，士兵赏给一个月盐菜银，官员议叙。四十三年，屯田兵改成携带家属长期驻守，定额三千人，五百人训练，二千五百人种地，共分为二十五屯，每屯百人。每人种地二十亩，百名士兵共种地两千亩，领籽种一百一十石，收获十八分者交粮一千八百石，二十八分者交粮二千八百石。四十七年，伊勒图因伊犁哈萨克自治州粮食连年丰收，仓储粮食达五十万石以上，将屯田兵减去一千名，一半训练，一半种地。
伊犁地区还有犯人参加种地，称做“犯屯”。民人种地谓“民屯”，无论人数、规模都比较小。伊犁驻军每年用粮十六万石，其中回屯交纳十万石，兵屯交六万石以上，“视仓储多寡，随时增减屯种”《钦定新疆识略》，卷6，《兵屯》。，做到自给有余。乾隆末，伊犁贮粮经常在三十万石以上。
塔尔巴哈台地区
塔城地区今天简称塔城，位于新疆最北部，与沙俄为邻。二十六年（1761年），参赞大臣章佳·阿桂即奏请“塔城市与俄罗斯、哈萨克族相近，应驻兵屯田”。阿桂请从伊犁哈萨克自治州派领队大臣率一千名绿营前往驻扎，沿途设卡二十一所，选派侍卫分驻各哨卡，并迁移杜尔伯特蒙古族自治县、扎哈沁等部落前往游牧，以加强国防。乾隆因为财政原因，没有批准这一计划。直到二十八年，伊犁将军富察·明瑞重提此事，清政府始于塔城驻兵屯田。三十三年，塔尔巴哈台参赞大臣巴尔品又建议于楚呼楚地方屯田，“以裕储积而备欠收”《清高宗实录》，卷820，21页。，清政府从乌鲁木齐市调绿旗兵四百人前往种地。塔城市因地处极北，故只有绿旗兵屯。
乾隆三十六年，乾隆得知甘肃省连年受旱灾之苦，从乾隆二十三年至三十五年，共欠仓粮四百零四万石，折色银一百三十二万两时，作为最高统治者，他不能不考虑“似此日累月多，势将何所底止，是旧固不可不及时清厘，致令积疲不振”。但他更注意到“边陲生计艰难，尤当急为筹画以裕久长”，使甘肃灾区人民改善困境。乾隆认为，新疆统一以后，大兴屯田已成乐土，“商民辐，风景不殊内地”，但没有出现内地民人踊跃前往的局面，是因为他们缺乏对新疆开发情况的具体了解，所以裹足不前。乾隆要求地方官员设法劝导甘肃民人出嘉峪关种地，“将来关外生聚滋蕃，兼可酌添郡县，而此等待食之民向外多移一人，即少耗内地一日之粟，可使盖藏渐裕，化瘠为腴”《清高宗实录》，卷877，9页。。半年后，甘肃又遇大旱，到处都是流民，乾隆拨银二百万两、粮二十万石赈济灾民，并指示陕甘总督明山，令其设法劝谕流民赴新疆种地，“使共知边外谋生之实利，自必熙攘趋赴，不特目前之嗷嗷者，不至漂泊无依；即将来或遇欠收，而瘠土贫民，亦可免坐守困乏，实为筹备边氓生计之长策”。甘肃民人不断进入新疆，为加强对他们的管理，清政府逐渐设立起民治机构。
乾隆三十八年（1773年）起，清政府在巴里坤哈萨克自治县设镇西府，乌鲁木齐市设迪化直隶州，其他地方分别设阜康市、昌吉回族自治州、玛纳斯县、宜禾、奇台县等县。
尽管爱新觉罗·弘历把新疆屯田视为造福于子孙后代之举，但此举并非是清政府全体成员的共识，朝野内外分歧较大。乾隆二十五年（1760年），乾隆进行廷试时，新科进士的条奏中有人就说指责伊犁哈萨克自治州屯田与西汉轮台县屯田同样劳民伤财。乾隆针对遣犯种地一事解释说，这些罪犯都是恶贯满盈、本该处死之人，现在让他们前往新疆种地，“以减死之人而予以谋生之路，伊等即不得谓之民，又安得谓之劳也”。他特别强调新疆屯田，不单单为守土军队解决粮食问题，“国家生齿繁庶，即自乾隆元年至今二十五年之间，滋生民数，岁不下亿万，而提封止有此数，余利颇艰。且古北口外一带，往代皆号岩疆，不敢尺寸逾越。我朝四十八部子弟臣仆，视同一家，沿边内地民人前往种植，成家室而长子孙，其利甚溥。设从而禁之，是厉民矣。今乌鲁木齐市、辟展各处，知屯政方兴，客民已源源前往贸易，茆檐土，各成聚落。将来阡陌日增，树艺日广，则甘肃省等处无业贫民前赴营生耕作，污莱辟而就食多，于国家牧民本图，大有裨益”。乾隆最后表示：“今办理屯种，亦只因地制宜之举。而无识者又疑劳民，朕实不解，且付之不必解，而天下后世自有公论耳。”《清高宗实录》，卷612，19～22页。
四川金川地区改土归流
乾隆，清代两次平定了四川省金川县地区的土司叛乱，并在改土归流的基础上，将原金川土司辖区划分为五个屯田区，命当地藏民、招募来的内地汉民以及驻守该地的绿营兵丁进行大规模屯田，史称金川“改土为屯”。
乾隆四十一年（1776年），清朝二平金川之后，在原大小金川土司地分置美诺、阿尔古两厅。乾隆四十四年（1779年），并阿尔古入美诺。
乾隆四十八年（1783年），美诺厅改功厅，驻同知，理五屯事务”。从而取缔了原来的土司政权，代之以与内地州县大致相同的地方行政机构，将当地的藏族民众土司头人的奴隶成为封建国有的编户齐民，大大加强了清代对金川地区的统治。
清政府同时招募内地汉民赴金川屯垦。清廷针对大渡河地区地广人稀，生产落后的情况，专门从四川省内地招募了大批汉族农民到当地屯垦。屯民每户“给地30亩，使为子孙恒产。虑其路远不能挈妻子而来也，本籍咨送，准令大口每名日给盘费银1钱，小口银3分，口粮各1升”。到达屯所后，每户“准给屋庐。无屋，折价银2两”。另外，官府还“资以农具”，“资以耕牛，两户合一牛”，“每户各给子种2石”。五年不起科，自第六年起按户纳粮，“每户仅纳1斗2升”。
清王朝金川平叛之战以及后来的改土为屯措施，消除了当地落后的土司制度，将广大下层土民从土司的奴隶变为封建国家的编民，有利于“人类的发展”和社会进步，从历史发展的角度来看，是具有进步意义的战争和措施。改土为屯以后，清廷在金川地区“清丈地土”，“编造鳞册”，“统核兵番，酌行分授”，将当地一应荒熟地亩凡可资垦种者尽行分授驻防绿营兵丁和当地民众，同时大量招募内地汉民前来垦荒，由官府给予种子、农具，借给口粮，五年不征，六年起科。这就在一定程度上调动了当地土民和外来汉民的生产积极性，为他们提供了从事生产活动的基本条件，使大量荒地在短期内得到开垦，农业生产得到发展。改土为屯以后，金川地区的人口有了较大规模的增长。一方面是由于内地屯垦汉民的迁入，同时当地藏民也较前大大增加了。不但人口数量增加了，由于消除了土司割据势力，取缔了土兵组织，代之以屯田垦荒为主的“屯练”，使大量藏族青壮年回到了生产第一线，且作为封建国家的编户齐民，政治地位较前也有所提高，从某种意义上说，是对劳动力的解放。另外，清廷对金川地区基本采取轻徭薄赋、与民休息的政策，统一规定了田赋数额，每户耕地30亩，征粮不过2斗1升8勺5抄，除此之外“并无额征银两”，与从前土司统治下的随意征敛、任情科派相比，负担大为减轻。特别是清政府规定的科粮数字直到清末始终未变，又采取了一系列鼓励垦荒、发展生产的措施，使当地人民的生产生活条件得到一定程度的改善，促进了当地社会生产力的发展。
青海省东部改土归流
青海东部也是历史上招募民户垦荒的主要区域，罗卜藏丹津叛乱后，年羹尧在善后时提出边内地方，开垦屯种。将直隶、山西省、河南省、山东省、陕西省五省军罪人犯，尽行发往大通、布隆吉尔等处，令其开垦。乾隆三年（1738年）事杨应琚建议碾伯县巴燕戎地方招民开垦，在循化撒拉族自治县、贵德等地，令千户、百户、百长各于所管界内相度可耕之处，劝谕番众计口分地，尽力开垦，播种栽培二棱大麦、大麦等粮，俾资养赡。经过清代近百年的社会发展，土、民杂而居，联姻结社，有些地方四分之三语言、风俗、衣食住行，较之汉族，尚为文明。外来移民的进入与东部地区社会化程度的提高，从文化与经济上瓦解着传统政治的基础，而清末日益严重的边疆危机又进一步推动了此一历史进程的发展。
晚清时期
青海省地区改土归流
清朝末年，边疆危机日重，藩部内属、行政一体的传统民族政治改革进程加快，青海地区“改土归流”亦提上地方政府议事日程。
两广总督岑春煊于《统筹西北全局折》中提出，定区划建行省、抚蒙番变官制、举垦务修边卫等措施，对于蒙旗及各土司等应办垦、矿、林、渔地方及向有司员、粮员可设民官者，拟照国初办法设道厅，侯地辟民聚后再改州县，由此确定了清末青海地区改土归流的步骤。
光绪二十二年（1896年）光绪帝正式颁布“改土归流”办法，开始废除土司制度，青海省各土司不再承袭，一切行政事务由当地县政府承办。
光绪三十四年（1908年），西宁办事大臣庆恕会同陕甘总督多罗特·升允奏准重办青海垦务，制定相应章程及实施办法，耗资二千余万两白银。
川边藏区改土归流以及乌拉改革
光绪三十一年（1905年），驻藏帮办大臣凤全“经理”川滇边，推行屯垦、练兵与招商、开矿等新政，招致巴塘县土司与僧侣围攻而被杀害。此后，赵尔丰参与了平叛活动，“剿办巴塘七村沟”，威名大震。事平后，赵尔丰留在川边以军务督办接办善后事宜。从此，赵尔丰正式迈上经营边疆的官途。
光绪三十二年（1906年），四川总督锡良考虑到西藏自治区纷乱频仍，边境多事，所以设立川滇边特别行政区，并保举赵尔丰为大臣。锡良对赵尔丰的推重之词是：“忠勤纯，果毅廉明，公尔忘私，血诚任事。”朝廷很快就同意了。
赵尔丰上任伊始，川边地区的基层权力被土司所把持。于是，赵尔丰建议在当地进行“改土归流”。“改土归流”是指改土司制为流官制，流官由中央政府委派。“改土归流”有利于消除土司制度的落后性，同时加强中央对中国西南地区的统治。但实际上，赵尔丰治理川边六年并不是一帆风顺的，由于“改土归流”削弱了土司的权利，遭到土司的武力反抗，所以赵在六年中几乎是不停地打仗，废除了明正、德格县、巴塘县、理塘县为首的大小土司和昌都、乍丫（察雅）等活佛的政治地位，甚至驱逐了一些西藏地方政府在康区的官员。
光绪三十三年（1907年），赵尔丰考虑到川边与西藏关系的微妙，筹划了《会筹边务开办章程折》，主张川边与西藏划清界限。其次，增设官署。赵尔丰考虑到清政府每年给边务开办费银一百万两，额度远不能满足公务需求，所以请求油捐与糖捐两项税务收入作为政府将来的常项收入，协济兵食。因内地兵勇对于西藏糌粑等食物不适应，故将大米稞麦两种，分发各半，同时开田引水，试验种植稻米。
光绪三十四年（1908年），朝廷任命其兄赵尔巽为四川总督，赵尔丰为驻藏大臣，但仍兼任边务大臣。朝廷要求他与联豫会同察度藏情，并拨给赵尔丰白银60余万两，如果不够，由四川总督随时接济。由于赵尔丰在川边的改革赢得了清中央的赏识，西藏噶厦深知赵尔丰主藏政，必会有与川边一样的改革，于是派员前往察木多，调集藏兵，意图武力阻止赵尔丰入藏。
宣统元年（1909年），赵尔丰越过金沙江向查木多（今昌都）和类乌齐进攻，次年与钟颖军会师于查木多，然后两军迅速推进到工部一线，然后又进入波密地区。赵、钟两军对所到之处的土司头人进行招抚，说服他们建立郡县。这次行军，流传有很多传说。
赵尔丰虽然尚用武力，但对于百姓的生计颇为关心。“乌拉（农奴为官府或农奴主所服的劳役）”在晚清以前是西藏人民沉重的负担，宣统元年（1909年），赵尔丰实施乌拉改革，颁布新的《乌拉章程》，要求征乌拉者必须付给一定的费用，俗称脚价。倘有违章苛敛百姓，勒令蛮民支差，不给脚价、口食，一经查出，定予严办，决不宽贷。《乌拉章程》于1909年正式施行，共二十六条，从前所有乌拉规章一概撤销。主要改革内容为：牛驮运不得超过120斤，背夫不得超过66斤，过重者，百姓可以拒雇；一匹马只准乘1人，随行货物不得超过20斤；雇佣的骑驮在乌拉途中倒毙者，官兵应给赔偿；以前乌拉支应者多为妇女，今后应徐图改良，男女均出，且五十岁以下。乌拉改革是清末在川边进行“改土归流”及实施新政的诸多措施中带给百姓利益较多的一项措施，为遭受沉重乌拉支应的藏族百姓减轻了负担。
赵尔丰经营川边藏的数年里，“所收边地（指改土归流），东西三千余里，南北四千余里，设治者三十余区，而西康建省之规模粗具”，为民国十七年（1928年）西康的建省打下了坚实的基础，赵尔丰改土归流必定昭然史册。近代著名学者李思纯也说：“金沙江以东十九县，尚能归附，皆清季赵尔丰之余威，于民国以来诸边将无预也。”
民国时期
民国十六年（1927年），西宁市地区试行县府自治，编设区村，土汉一体，无分域。此一趋势之下，一些传统政治势力逐渐放松了对属民的控制，小演教有土民23户，自昔直属县府，不受任何土司管辖，但有所谓官儿者，如今之乡长，在昔能管理土人，如土司然，至今犹在，但已无阻挠行政之积习。至于其他汪、吉、纳、祁等土司情形，大致相同，部分土司，若陈、赵、朱等，土地人民几乎丧失，实际等同平民。但亦有一些土司罔顾历史发展趋势，据民和回族土族自治县县长韩志颖报告，李土司之子李鸿儒在该县境内，亲往各区土民地方宣传脱离区村关系。他们认为青海蒙古二十九旗、藏族各千百户，均与内地土司事同一律。所属土民因从事戎行之故，对于编民各项差徭，概不应承。拟请将蒙藏王公千百户及内地各土司之制度另易相当名称，所属之兵由中央加以改编，发给精械，籍以巩固边防。
对此青海省政府致电南京国民政府，南京方面并未直接答复，但民国二十年（1931年）8月13日，蒙藏委员会在致行政院呈文中提出今后各省如有呈报土司补官袭职之事，请勿核准以谋改革而昭划一，此一呈文基本上明确了民国青海改土归流的方针。青海省政府据南京第四七一七号指令，经第二一七次省务会议议决，依民族平等之原则，土民与汉民应同一体，以后土民粮草均由县政府直接征收，各县土司对于土民应纳之粮草，均应负责督催等。取消土司制度后，各土司土民脱离与土司关系，所有地粮，均归县政府征收，由县政府所收原有地粮内，每年酌给若干以资赡养，并体察情形，各予区长或村长等名义。青海省东部改土归流之后，将司法、行政、纳粮等权移归政府管理，以致土司势力日渐削弱，而土民已日渐融合于当地居民之中，土司大多名存实亡。
民国十九年（1930年）互助设县后，延续300余年的土族土司制度被彻底废除，土官的特权也被取消，其地位与一般百姓相同。土司统治下的百姓、土地，一律由当地政府直接管辖，百姓直接向县大仓纳粮。
结果
改土归流后，部分上层土司不甘心失败，时刻图谋复辟。而有些清军在新地区肆行抢掠，有的流官不善于经理，骤然增加赋税，兴派徭役，自身又贪赃勒索。加之新设营汛部伍大多从邻近地区抽调而来，致使原来地区力量空虚。这不仅使原土司有了叛乱的口实，也给了他们以可乘之机。
雍正十三年（1735年）春，贵州古州﹑台拱地区苗民上层鼓动百姓发动叛乱。叛乱者深入丹江﹑黄平县﹑凯里市等厅州县，雍正帝派兵镇压未果。爱新觉罗·弘历帝继位后，任命张广泗为七省经略，于乾隆元年（1736年）平定叛乱，清廷下令取消新区赋税，按当地习惯审理民事纠纷，以巩固对改土归流地区的统治。
意义
雍正朝的改土归流还只是在西南少数民族的部分地区实行，未改流的地方还不少。（据，《清史稿》中华书局1986版，第十三卷，志九十五，食货一之户口田制，三四八二页有，乾隆二十二年“甘肃省番子土民，责成土司查察”，可引为佐证。）即使改流处，也还保留原土司的残余势力，他们仍能不同程度地控制原来的属民，但改土归流废除了土司制度，减少了叛乱因素，加强了中央政府对边疆的统治，有利于少数民族地区社会经济的发展，对中国多民族国家的统一和经济文化的发展有着积极意义。
清代康熙、雍正以来，内地人口的自然增长愈益超出当地生产力的容纳和需要状况，而广西壮族自治区、云南省除腹里以外的广大边远地区，却因为人口稀少而处于开发水平极其低下状态，甚至多有保持原始洪荒状态之处，所以，内地剩余人口大量移向西南边疆的客观需要更加强烈。雍正年间，滇桂二省大规模改土归流的结果，使这种客观需要的实现成为可能。
由于大批内地移民的涌入，乾、嘉、道三朝期间，广西、云南的人口数量空前增加，其中，主要是腹里地区以外的边远山区的人口增长十分显著。由于劳动力的增多，昔日的荒山野岭得到开垦，诸多矿藏相继被采掘利用，一簇簇新兴居民点也如雨后春笋般出现和散布在丛山密箐中，从而呈现出一幅幅开发边疆的壮丽图景。例如广西壮族自治区人口自康熙末年至爱新觉罗·旻宁初年增长七倍有余。
历史评价
雍正朝总理大臣西林觉罗·鄂尔泰：云、贵大患无如苗、蛮。欲安民必制夷，欲制夷必改土归流。
清代诗人袁枚：改土归流一事,非君臣俱有大本领,而又深相知合者,不能办到。
晚清左宗棠：“立国有疆，古今通义，规模存乎建置，而建置因乎形势。”雍正年间所进行的对西南边疆地区以改土归流为中心的政治建置改革，是在当时国家统一的历史趋势下推行和展开的，因而取得了空前的成绩。而边疆地区行政建置的周密性和完整性，则是国家疆域主权的重要标志，所以，清代前期西南边疆政治建置的深刻变化，其意义首先在于维护和巩固了国家的统一和领土完整。同时，这一深刻变化又为内地人民进入边远山区从事垦殖、采矿、经商等开发活动奠定了坚实的基础。
晚清诗人唐晏：盖“改土归流”至今尚有流弊,西域无流弊也。
民国历史学家吕思勉：清朝用兵域外，虽不得利，然其在湘西、云、贵、四川各省，则颇能竟前代所未竟之功。
清史编工程成崇德：雍正朝以前，由于自然环境所造成的当地经济发展的落后性，使这些地方的政治和社会环境也停留在低下层次，亦即大小土司各自为政，形成诸多封闭的“独立王国”，阻止内地移民及其先进生产经验的传入。这种情况又反过来加重了当地由于自然环境所造成的闭塞落后程度。以传统时代的历史条件而论，固然不能予自然环境以根本的改变，然而却可以对政治和社会环境进行一定的变更，从而为内地人口的迁入创造某种有利条件。雍正年间大规模改土归流活动，就是这样一种在一定意义上变更边远地区政治和社会环境的举措。其结果不但使西南边疆同内地之间在政治上得到进一步的统一，而且使内地各省的大量剩余人口得以涌入边远山区，改变了这些地方由于人口所造成的原始落后面貌。仅以滇东北地区为例：滇东北的东川、昭通市在明末清初时仅是川省南部一个极端闭塞的土司地区，只有少量彝族人口，一派荒凉沉寂；但经过雍正年间改土归流和随之而来的乾嘉间轰轰烈烈的采矿活动，迄至清末这里已是汉族人口占90%以上的人口稠密之区，其发达程度可与滇池、洱海附近的传统开发区相媲美。
参考资料
【道中华】改土归流，对我国西南地区的影响有多大？.国家民族事务委员会.2024-01-04
雍正皇帝.故宫博物院.2024-01-04
湖北鹤峰发现该县最早“改土归流”文物.人民网.2024-01-08
【道中华】改土归流:巩固统一多民族国家的重要举措|总书记讲过的民族团结进步故事.国家民族事务委员会.2024-01-04
改土归流：巩固统一多民族国家的重要举措.中国民族宗教网.2024-01-08
穿越千年，只为多了解你一点.m.toutiao.com.2022-06-23
赵尔巽 被袁世凯跪舔的遗老（二）.m.toutiao.com.2022-06-23
赵尔巽 被袁世凯跪舔的遗老（二）.m.toutiao.com.2022-06-23
遥望西藏，祥云初上远山.m.toutiao.com.2022-06-23
话说南丝路 32丨巴塘鹦哥嘴石刻群：炮火弥漫的修路文献④.m.toutiao.com.2022-06-23
话说南丝路 32丨巴塘鹦哥嘴石刻群：炮火弥漫的修路文献④.m.toutiao.com.2022-06-23
赵尔巽 被袁世凯跪舔的遗老（二）.m.toutiao.com.2022-06-23